مرکز خدمات حوزه های علمیه به امر مبارک مقام معظم رهبری حضرت آیت الله خامنه ای در تاریخ ۱۳۷۰/۰۷/۱۰ تاسیس گردید .ستاداین مرکز در قم بوده ، و در همه استان ها نیز شعبه دارد. این تشکیلات با هدایت و حمایت دفتر مقام معظم رهبری فعالیت می کند. در راس این نهاد هفت نفر به عنوان هیئت مدیره که یک نفر به عنوان رئیس مرکز قرار دارد. اعضای هیئت مدیره از سوی مقام معظم رهبری منصوب می شوند و ایشان رئیس مرکز را انتخاب و به دفتر معظم له معرفی می کنند و دفتر نیز حکم وی را صادر می کند . احکام هر کدام از اعضای هیئت مدیره ، هر چهار سال یک بار از سوی مقام معظم رهبری صادر می گردد.